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截至00年6月30日，博奥晶典单细胞平台已支持发表16篇高水平科研论文，应用领域涉及细胞图谱绘制、类器官、生殖发育、干细胞、血管老化、血管异质性、肿瘤异质性、肿瘤免疫治疗、疾病机制研究等。接下来小编带大家一起来回顾一下这16篇文章的主要研究内容。

01

单细胞测序绘制胃癌转录组图谱

DissectingtranscriptionalheterogeneityinprimarygastricadenocarcinomabysinglecellRNAsequencingGUT19.年6月单细胞测序、胃癌、图谱

胃癌是最常见的消化道肿瘤之一，其具有高度的分子异质性和形态学异质性。从分子层面解析胃癌异质性对于精确诊断、治疗方案确立和预后评估具有重要意义。本研究利用无偏颇的单细胞转录组测序技术构建了全方位的胃癌表达谱图谱，建立了一种新型的区分良恶性上皮细胞的分类方法。着眼于非恶性上皮细胞，阐述了胃化生细胞的起源。着眼于恶性上皮细胞，构建了一种量化细胞分化程度的计算方法，并揭示分化程度与胃癌的预后密切相关。发现了一种新型的胃癌类型：主细胞主导型胃癌，并在大规模数据库中验证了这种类型胃癌的存在。总之，研究结果为剖析胃癌异质性、胃癌预后和解析胃癌化生演变进程提供了宝贵的数据资源。

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GUT

博奥晶典单细胞项目文章揭示胃化生细胞起源和胃癌分子异质性

0

单细胞测序研究近视眼视网膜病变关键因素

IncreasedConnexin36PhosphorylationinAIIAmacrineCellCouplingoftheMouseMyopicRetina

FrontiersinCellularNeuroscience

3.91

00年6月

单细胞测序、近视、视网膜、细胞缝隙连接

近视是一个世界性的重大公共卫生问题。在近视视网膜中，远处的图像聚焦在光感受器前面。视网膜信号传导引起正视化（如正常折射）或屈光不正的机制还有待研究。缝隙连接在增强视觉信号传输中起着关键作用，所有的无长突神经细胞（ACs）通过连接蛋白36耦合，将信号分隔成开和关的通路。所有ACs之间的耦合是通过小鼠视网膜中多巴胺在93丝氨酸上的磷酸化被积极调节的。本研究采用形态剥离小鼠近视模型，评估在所有ACs小鼠中表达为绿色荧光蛋白表达的connexin36阳性斑块（结构分析）和connexin36磷酸化状态（功能分析）。单细胞RNA测序显示，虽然Gjd基因的表达保持不变，但所有ACs的多巴胺能突触和间隙连接通路在近视视网膜中下调。与正常眼相比，近视眼的连接蛋白36磷酸化水平升高，但连接蛋白36的表达没有变化。这种增加的连接蛋白36磷酸化可能表明近视视网膜中所有ACs的功能间隙连接耦合增加，这可能是对改变的噪声信号状态的适应。

03

单细胞测序解析不同喂养条件小鼠主动脉细胞异质性

Aorticheterogeneityacrosssegmentsandunderhighfat/salt/glucoseconditionsatthesingle-celllevel

NationalScienceReview

16.

00年5月

单细胞测序、主动脉、心血管疾病

主动脉由升主动脉、主动脉弓、主动脉胸段和主动脉腹段组成，对心跳作出反应，感知代谢产物，并将血液分配到身体的各个部位。然而，主动脉各节段间的异质性以及代谢病理是如何改变的尚不清楚。本研究通过对不同处理条件（正常情况下或高血糖、高盐饮食、高脂肪摄入情况下）的小鼠主动脉的升主动脉、主动脉弓和胸、腹段共16,61个细胞进行单细胞测序，发现了10种不同的细胞类型，主要是内皮细胞（EC）、平滑肌细胞（SMC）、基质细胞和免疫细胞。不同细胞的分布及其相互通讯受到解剖节段血流动力学微环境的影响，ECs和SMCs的空间异质性可能导致血管扩张和收缩的差异，这是通过线肌造影观察到的。重要的是，主动脉细胞的组成、基因表达谱和调节细胞间网络在高脂肪/盐/葡萄糖条件下发生了广泛的变化。值得注意的是，腹主动脉的细胞组成发生了最显著的变化，特别是内皮细胞、成纤维细胞和具有心血管危险因子相关调节因子和基因表达网络的髓细胞。本研究阐明了主动脉细胞多样性，并对代谢疾病的治疗有重要意义。

04

单细胞测序分析结直肠癌进程中的肿瘤浸润性ILCs

Transdifferentiationoftumorinfiltratinginnatelymphoidcellsduringprogressionofcolorectalcancer

CellResearch

0.

00年5月

单细胞测序、结直肠癌、先天淋巴细胞（ILCs）

先天淋巴细胞（ILCs）驻留在黏膜表面，以增强机体免疫反应、保持黏膜完整性、维持组织稳态。然而，关于肿瘤浸润性ILCs调节肿瘤的发展与进程的机理尚不清楚。该研究通过对ILCs进行单细胞测序，鉴定出了6个ILCs细胞亚群，并对其功能进行了研究。其中，ILC1s表达抑制受体，在结直肠癌（CRC）晚期进行抑制功能转换。ILCs又分为3个亚型，即ILC-A、-B、-C，其中，ILC-C会促进肿瘤的发展进程。晚期CRC肿瘤组织中ILCs会高表达HS3ST1和PD1，ILCs亚群HS3ST1和PD1表达缺陷会抑制肿瘤的生长。此外，在CRC进程中，ILC3s会转分化为ILCregs，ILCregs会促进肿瘤生长。值得注意的是，TGF-β信号传导引起ILC3s向ILCregs转换，从而促进肿瘤生长；TGF-β信号传导的阻断可以打断ILC3s转分化为ILCregs的过程，从而抑制肿瘤生长。因此，干预ILC转化率可能是CRC免疫治疗的一种潜在策略。本研究为CRC临床治疗提供重要的理论依据。

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05

单细胞测序研究派杰氏病患病机制并提出新的治疗策略

TheMsi1-mTORpathwaydrivesthepathogenesisofmammaryandextramammaryPaget’sdisease

CellResearch

0.

00年5月

单细胞测序、派杰氏病、Msi1mTOR信号轴

派杰氏病是一种稀有的恶性皮肤癌，包括乳腺派杰氏病和乳腺外派杰氏病。本研究发现，RNA结合蛋白MSI1在乳腺派杰氏病和乳腺外派杰氏病中异位高表达。当在小鼠的皮肤基底层特异过表达Msi1时，小鼠的表皮能在病理组织结构、分子标记、单细胞组成和信号通路等多个层次很好模拟人的派杰氏病特征。同时，利用单细胞测序和谱系追踪技术证实了派杰氏细胞来源角化细胞的转化理论。在病理机制上，发现MSI1通过MSI1-Pten-mTOR和MSI1-CMTM5-Her-mTOR两条途径激活mTOR信号通路，将角化细胞转化为派杰氏细胞并促进派杰氏病的发生发展。该研究揭示了Msi1mTOR信号轴在派杰氏病致病机理中起关键作用。这一发现对于筛选有效的派杰氏病治疗药物非常重要，因为mTOR抑制剂就有可能发展成为派杰氏病的治疗药物。在这个想法的指导下，该研究开展了初步的临床实验，发现FDA批准的0.4%雷帕霉素乳膏能够非常有效地减轻派杰氏病病人的临床症状,有望成为临床上治疗派杰氏病的有效药物,具有非常重要临床价值。

06

单细胞测序研究灵长类动物动脉老化机制

Asingle-celltranscriptomiclandscapeofprimatearterialaging

NatureCommunications1.年5月单细胞测序、动脉、衰老

心血管疾病是威胁人类健康的重要因素，伴随衰老而发生的血管结构和功能的退行性改变是导致心血管疾病的主要危险因素。该研究通过对青少年和老年食蟹猴的心脏主动脉弓和冠状动脉血管壁进行单细胞测序，绘制了灵长类血管衰老单细胞图谱。对青少年和老年食蟹猴两组样品进行对比发现，相同类型的细胞亚群中共个差异基因；为了确定与血管衰老相关的主要调控因子，使用SCENIC构建了转录因子及其靶标基因的基因调控网络，并确定了6个具有识别Motif的TF，其中FOXO3A是衰老涉及的靶基因数量最多的顶级调节中心。最后，作者通过qPCR、westernblot和免疫荧光分析对FOXO3A的功能进行了验证。该研究在国际上首次实现了灵长类血管衰老单细胞图谱的绘制，不仅有助于深入理解血管衰老过程中细胞组成和分子特征的变化规律，而且揭示了长寿基因FOXO3A表达水平的沉默是驱动灵长类动脉血管衰老的关键因素。这些发现为人类血管衰老及相关疾病的干预奠定了重要的理论基础。

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07

单细胞测序研究肺腺癌播散肿瘤细胞（DTCs）的异质性

LiquidBiopsy-BasedSingle-CellTranscriptomeProfilingCharacterizesHeterogeneityofDisseminatedTumorCellsfromLungAdenocarcinoma

Proteomics

3.54

00年3月

单细胞测序、肺腺癌、DTCs

方便快捷的测序技术的出现，使科学家能够在空间和时间上解读肿瘤内的异质性，从而解决肿瘤的进化史和潜在的机制。然而，在液体活检中对播散性肿瘤细胞(DTCs)异质性的研究很少，因为DTCs比较罕见且生存能力低，以及大量非肿瘤细胞。在此研究中，采用高通量单细胞转录组测序技术和罕见的DTC富集方法来解读肺腺癌恶性胸腔积液(MPE)中DTCs的异质性和独特的分子标记，获得8,13个MPE来源细胞的单细胞转录组数据。在这些来自MPE的细胞中，每组通过特异性标记分别鉴定出肿瘤、间皮细胞、单核细胞、T细胞和B细胞等5个主要细胞群。MPE中存在的肿瘤细胞进一步被分为四个不同的亚群，分别与免疫反应、细胞增殖、细胞凋亡和细胞粘附相关。基于MPE衍生DTCs的单细胞数据集，鉴定出19个肿瘤特异性标记物，它们在肿瘤组织中RNA和蛋白水平高表达，作为检测血液中异常罕见循环肿瘤细胞的候选标记物。

08

单细胞测序揭示胰腺癌免疫治疗后微环境重建情况

Single-cellRNAsequencingreveals

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